Tris (16) en Tobias zijn weer samen. De stad waarin ze wonen herstelt van de revolutie en Tobias' moeder, leider van de factielozen, heeft de macht overgenomen. Tobias en Tris vluchten samen met vrienden de stad uit. Ze worden opgevangen in het hoofdkwartier van het Bureau voor Genetisch Welzijn. Hun wereldbeeld staat volledig op z'n kop. Zo ontdekken ze hoe groot de wereld echt is en dat er vliegtuigen bestaan. Vanuit het hoofdkwartier wordt hun oude stad gemanipuleerd. Overal hangen camera's en alles is te zien. Hun stad blijkt onderdeel van een experiment te zijn en mensen zijn ingedeeld in genetisch beschadigd (GB) of genetisch zuiver (GZ). Tris en Tobias willen de stad bevrijden en daarvoor gaan ze heel ver.