Vanwege zijn liberale opvattingen en zijn kritiek op de regering en de religieuze gezaghebbenden in de Arabische wereld werd hij in 2012 veroordeeld tot een gevangenisstraf van 10 jaar, een geldstraf van ruim 194.000 euro en 1000 stokslagen. Een gruwelijke straf. Twintig weken lang 50 stokslagen na het vrijdaggebed. Badawi kreeg op 9 januari 2015 in het openbaar de eerste 50 stokslagen voor de Al-Jafalimoskee in Jeddah. De overige stokslagen werden wegens de slechte gezondheid van Badawi uitgesteld en waren in september 2015 nog niet uitgevoerd.